GPIB didirikan pada 31 Oktober 1948 yang pada waktu itu bernama "De Protestantse Kerk in Westelijk Indonesie” berdasarkan Tata-Gereja dan Peraturan-Gereja yang dipersembahkan oleh proto-Sinode kepada Badan Pekerja Am (Algemene Moderamen) Gereja Protestan Indonesia.
Majelis Sinode "De Protestantse Kerk in Westelijk Indonesie” yang pertama pada waktu adalah:
- Ds. J.A. de Klerk (Ketua)
- Ds. B.A. Supit (Wakil Ketua)
- Ds. L.A. Snijders (Sekretaris I)
- Pnt. J.A. Huliselan (Sekretaris II)
- Pnt. E.E. Marthens (Bendahara)
- Pnt. E.A.P. Klein (Penasihat)
- Ds. D.F. Sahulata (Pendeta Bahasa Indonesia)
- Ds. J.H. Stegeman (Pendeta Bahasa Belanda)
Ketika pertama kali terbentuk, GPIB mempunyai 7 buah Klasis (kini disebut Mupel atau Musyawarah Pelayanan) dengan 53 jemaat yaitu:
- Klasis Jabar meliputi 9 jemaat: Jakarta, Tanjung Priok, Jatinegara, Depok, Bogor, Cimahi, Bandung, Cirebon dan Sukabumi
- Klasis Jateng meliputi 6 jemaat: Semarang, Magelang, Yogyakarta, Cilacap, Nusakambangan dan Surakarta
- Klasis Jatim meliputi 12 jemaat: Madiun, Kediri, Madura, Surabaya, Mojokerto, Malang, Jember, Bondowoso, Banyuwangi, Singaraja, Denpasar dan Mataram
- Klasis Sumatra meliputi 7 jemaat: Sabang, Kutaraja, Medan, Pematang Siantar, Padang, Telukbayur dan Palembang
- Klasis Bangka & Riau meliputi 4 jemaat: Tanjung Pinang, Pangkal Pinang, Muntok dan Tanjungpandan
- Klasis Kalimantan meliputi 8 jemaat: Singkawang, Pontianak, Banjarmasin, Samarinda, Balikpapan, Tarakan, Sanga-sanga dan Kotabaru
- Klasis Sulawesi meliputi 7 jemaat: Makassar, Pare-pare, Watansopeng, Raha, Palopo, Bone dan Malino
Sekarang GPIB memiliki 24 Musyawarah Pelayanan, yakni:
- Mupel Sumatera Utara-Aceh (Sumut Aceh)
- Mupel Sumbaridar (Sumatera Barat – Riau Daratan)
- Mupel Kepri (Kepulauan Riau)
- Mupel Sumsel-Jambi (Sumatera Selatan – Jambi)
- Mupel Babel (Bangka Belitung)
- Mupel Lampung
- Mupel Jakarta Pusat
- Mupel Jakarta Utara
- Mupel Jakarta Barat
- Mupel Jakarta Timur
- Mupel Jakarta Selatan
- Mupel Bekasi
- Mupel Banten
- Mupel Jawa Barat I
- Mupel Jawa Barat II
- Mupel Jatengyo (Jawa Tengah – Yogyakarta)
- Mupel Jatim (Jawa Timur)
- Mupel Bali – NTB (Bali – Nusa Tenggara Barat)
- Mupel Kalbar (Kalimantan Barat)
- Mupel Kaltengsel (Kalimantan Tengah – Kalimantan Selatan)
- Mupel Kaltim I
- Mupel Kaltim II
- Mupel Kaltim III
- Mupel Sulselra (Sulawesi Selatan – Sulawesi Tenggara)
Pimpinan GPIB berada di tangan Majelis Sinode yang dibantu oleh Dewan-dewan Pelayanan Kategorial, yaitu Dewan Pelayanan Anak, Dewan Teruna, Dewan Pemuda, Dewan Wanita, Dewan Persekutuan Kaum Bapak dan dua Departemen, yaitu Departemen Litbang (Penelitian dan Pengembangan) dan Departemen Pelkes (Pelayanan dan Kesaksian). Selain itu GPIB mempunyai sejumlah yayasan untuk melaksanakan berbagai program pelayanannya.
GPIB kini merupakan salah satu Gereja Protestan terbesar di Indonesia, dengan anggota-anggotanya yang banyak berasal dari Indonesia Timur. Namun dalam perkembangannya sekarang, anggota-anggota Gereja ini sangat berbaur dan dapat dikatakan hampir setiap suku bangsa di Indonesia terwakili di Gereja ini.
Program-program pelayanannya mencakup pendidikan, pelayanan kesehatan, pembangunan masyarakat desa, dll. GPIB juga aktif di dalam dialog antar-iman dengan umat beragama lainnya dan kegiatan penerbitan untuk kebutuhan internal dan eksternal.
Kantor Sinode GPIB terletak di Jl. Medan Merdeka Timur 10, Jakarta. Saat ini Sinode GPIB terdiri atas 263 jemaat, dengan jemaat yang paling muda GPIB Pondok Ungu, Bekasi diresmikan pada 3 Januari 2005.
GPIB adalah anggota dari GPI, Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia (PGI), Dewan Gereja-gereja Asia (CCA), Aliansi Gereja-gereja Reformasi se-Dunia (WARC), dan Dewan Gereja-gereja se-Dunia (WCC).
Susunan Personalia Majelis Sinode Masa Bakti 2005-2010:
- KETUA UMUM : Pdt. S.Th. Kaihatu, M.Th.
- KETUA I : Pdt. J.D. Sihite, M.A.
- KETUA II : Pnt. Dr. Ir. John E.H.J. Foeh, M.Sc.
- KETUA III : Pdt. Drs. Ruddy I. Ririhena, M.Si.
- KETUA IV : Dkn. Ny. S. Theo Syafei
- KETUA V : Pnt. Drs. M.B. Wahyono, S.H.
- SEKERTARIS : Pdt. Drs. J.W.Ch. Sompotan, S.Th.
- SEKERTARIS I : Pdt. Dra. Ny. M.M. Mual-Loppies, M.Si.
- SEKERTARIS II : Pnt. Johan Tumanduk, S.H., M.M.
- BENDAHARA I : Pnt. Drs. Agus Marsudi
- BENDAHARA II : Pnt. Drs. D.R. Wattimena, M.M.